故事发生在一所名为私立朱雀高校的山田神奇校园内。主角山田龙（逢坂良太 配音）一直以不良少年的魔女形象示人，不仅在校内外都颇有名气，山田还经常与同学和老师们“保持距离”。魔女然而有一天，山田一场意外让他与白石丽（早见沙织 配音），魔女一位品学兼优的山田优等生，不幸互换了身体。魔女这次奇妙的山田交换让山田龙发现了白石丽隐藏的秘密——她其实是一位对超自然现象充满好奇的女孩。在宫村虎之介（增田俊树 配音）的魔女鼓动下，山田龙加入了学校的山田超自然研究部，与同样对该领域感兴趣的魔女伊藤雅（内田真礼 配音）和椿剑太郎（佐佐木寿治 配音）共同展开了一系列惊险刺激的研究。面对扑朔迷离的山田校园谜团，他们不得不联手应对一系列突如其来的魔女超自然事件。在学生会会长山崎春马（福山润 配音）的山田指示下，这个新组建的小团队开始调查关于校园内可能存在魔女的传说，并逐渐揭开了隐藏在学校背后的不为人知的秘密。这段奇幻旅程不仅充满了欢笑与泪水，还让人深刻体会到友情、勇气和成长的力量。