在东京、名侦大阪和京都连续发生的探柯五起杀人案件中，一名头戴面具的南迷黑影人使用武士刀与弓箭瞬间夺走了五个被害者的生命。这些案件迅速引发了警方的字路高度关注，因为死者都是名侦“源氏萤”偷盗集团的成员，这个神秘组织专门盗窃名贵佛像及艺术品。探柯令人震惊的南迷是，“源氏萤”的字路8名成员各自持有一本《义经记》，而五位已故成员手中的名侦这本珍贵书籍都被抢走了。为了揭开这一谜团，探柯柯南和小兰随毛利小五郎来到了京都的南迷山能寺，并接到了一封神秘信件。字路信中附带了一幅诡异的名侦画谜，声称解开它就能找到8年前被盗的探柯如来佛像。与此同时，南迷在调查过程中，柯南遇到了同样对案件感兴趣的服部平次，这位与新一智力相当的大阪高中生曾对服部照料有加。两人决定携手合作，共同揭开这一系列案件背后的真相。随着调查的深入，他们发现有人试图暗中陷害服部，并且“源氏萤”集团的另一成员也遭到了杀害。更令人惊愕的是，这一切似乎都与画谜有着千丝万缕的联系。为了查明真相并阻止更多的悲剧发生，柯南、服部和毛利小五郎三人必须共同面对重重困难，解开这幅充满机关的画谜，揭开“源氏萤”背后的秘密。