《游戏王5D’s》讲述了4月2日开启的游戏全新篇章，发生在数十年后的游戏未来都市新童实野市。游星驾驶着D轮摩托穿梭于卫星区与上层区之间，游戏追寻着失去的游戏卡牌“星尘龙”。当他与竞敌杰克·阿特拉斯在决斗竞技场对决时，游戏两人的游戏手臂突然出现了神秘的红龙印记，象征着他们成为了“红龙的游戏龙印者”。随着D轮摩托与骑乘决斗大行其道，游戏游星、游戏十六夜亚纪、游戏龙可等伙伴们共同参与了“Duel of Fortune Cup”大赛。游戏在激烈的游戏对抗中，他们逐渐觉醒了新的游戏能力，并最终击败杰克，游戏成为了新的游戏决斗王。紧接着，“暗印者”组织出现，企图通过黑暗决斗和新战法“黑暗同步”威胁新童实野市。游星等人勇敢应对，阻止了这一危机。随着连接卫星区与都市区的代达罗斯桥建成，WRGP世界大赛拉开帷幕，神秘组织“太一”的三皇帝也悄然登场。最终，在高速世界2中决战时，“弧线摇篮”和其背后的Z-ONE显现，企图毁灭新童实野市。游星与同伴们勇敢战斗，击败了这一切威胁，拯救了城市。尽管故事的结局是在未来Z-ONE干预后的新历史，但游星等人依旧成为了传奇决斗者，并在不断磨砺中探索着“CLEAR MIND”的奥义和加速同步等新技巧。这个充满激情与挑战的故事，不仅展示了骑乘决斗的魅力，更探讨了友谊、信念和未来的主题。